Barbour I Lund,Barbour Jacka Stockholm

Den 'liknande områden revolution orsakar en uppsjö av information som alla behöver kommenteras för att det ska bli användbart. Sekvenser av proteiner av okänd funktion kan förses med en förmodad Barbour I Lund funktion genom att jämföra dem med proteiner med känd funktion. Denna form av annotation utförs typiskt med BLAST eller liknande programvara. Strukturell genomik numera också föra oss tredimensionella strukturer av proteiner med okänd funktion. Vi presenterar här en mjukvara som kan användas vid sekvensjämförelser misslyckas att bestämma funktionen av ett protein med känd struktur men okänd funktion. Mjukvaran, som heter 3D-Fun, genomförs som en server som körs på flera europeiska institut och är fritt tillgänglig för alla på alla dessa platser. 3D-Fun servrar accepterar protein koordinater i standard PDB format och jämföra dem med alla kända proteinstrukturer med 3D strukturell överlagring med hjälp av 3D-Hit programvara. Om strukturella hits finns med proteiner med känd funktion, dessa Barbour Jacka Stockholm listas tillsammans med deras funktion och några viktiga jämförelsestatistiken. Detta är konceptuellt mycket lika i 3D vad BLAST gör i 1D. Dessutom är de superposition resultaten visas med interaktiva grafik anläggningar. För närvarande, 3D-Fun-systemet förutspår endast enzymfunktion men en utökad version med Gene ontologi förutsägelser kommer att finnas tillgänglig inom kort. Servern kan nås på http://3dfun.bioinfo.pl/ eller http://3dfun.cmbi.ru.nl/.